核酸检测是一系列直接检测病原体核酸的技术总称，包括转录介导的核酸扩增检测技术(TMA)、实时荧光聚合酶链反应(PCR)。核酸检测是目前世界上最先进的检测技术，这种方法灵敏度高，特异性强，远高于免疫学方法检测。

在采用核酸检测前，血站对血液检测有三道关：在献血前，先采一滴血在试纸上（胶体金试纸条）进行快速检测，初筛检测出一批呈阳性的血液，这是第一关。献血后，血站又通过两种不同厂家的试剂（其中一种为进口试剂）进行酶联免疫技术检测，以最大化检测出标本中病毒感染后产生的抗体，这就是第二关和第三关。

 但是，这种检测有着明显不足，人从病毒感染到被检测出来通常需要一段时间，这个时间段被称为“窗口期”。由于感染后病毒颗粒先于抗原、抗体释放入血，如被丙肝病毒感染后，在长达1～3个月的时间里，感染者体内没有或仅有微量的抗体而免疫学方法无法检测出阳性标本，此时血液却具有传染性。因此检测抗原、抗体的“窗口期”较长，如乙肝病毒、艾滋病毒检测的“窗口期”分别为56天和22天，丙肝病毒检测的“窗口期”则长达90天。核酸检测技术将艾滋病病毒的检测窗口期缩短至11天，乙肝病毒缩短到25天、丙肝病毒缩短到59天，从而提高了提高临床检测的准确性。能进一步减少输血所引发的疾病传播的可能性，有了四道把关，可以极大提高临床输血的安全性。目前这种方法已广泛用于血站无偿献血者标本的检测工作中。

广安市中心血站从2016年起，已经实现了核酸检测的全覆盖，到目前为止，共使用核酸检测技术检测标本7万多份，有效缩短了血液检测的"窗口期"，对防控艾滋病等经血液传播疾病具有阶段性重大意义，为市民用血安全增加了一道坚固的技术保障。

但是，核酸检测即便是目前最先进的方法，也存在一定的局限性。由于灵敏度高，在检测过程中，对标本和工作环境的要求也高，很容易出现由于标本之间交叉污染或者扩增产物的污染而导致“假阳性”。同样核酸检测也存在“窗口期”，只是”窗口期”缩短了而已。所以，临床输血安全，仍然任重道远。